Sport Club Internacional

Sau khi bắt đầu với đội tuyển Futsal Brazil, năm 2007 anh gia nhập đội trẻ Sport Club Internacional. Anh lần đầu ra sân ở đội Một năm 2010, giành chức vô địch Copa Libertadores.

Inter Milan

Ngày 30 tháng 1 năm 2012, Juan gia nhập Inter Milan. Juan Jesus ra sân lần đầu tiên tại Serie A cho Inter ngày 13 tháng 5 năm 2012, trong trận thua 1–3 trước Lazio sau khi vào sân vào phút cuối cùng thay Diego Milito.

Trong mùa giải 2012/2013, Juan Jesus nổi lên là một phần trong đội hình ra sân chính thức của Inter, thi đấu cùng Andrea Ranocchia và Walter Samuel trong hệ thống 3-5-2.

Ngày 12 tháng 7 năm 2013, Juan lấy chiếc áo số 5, sau sự ra đi của huyền thoại Inter Dejan Stanković.